Предположим структура вашего проекта выглядит следующим образом:
apps/ config/ db.sqlite3 manage.py* media/ requirements.txt
И вы хотите создавать ваши applications в папке apps. Команда python manage.py startapp your_app_name
создаст application в корне проекта что неудобно.
Для создания application в папке apps можно воспользоваться командой:
mkdir apps/<your_app_name> python …